Fjölmargir uppgreftir eru gerðir á vegum Fornleifastofnunar á hverju ári.  Þar er bæði um að ræða stór verkefni sem eru unnin á mörgum árum og smærri fornleifakannanir sem oft eru gerðar fyrir framkvæmdaaðila, t.d. Vegagerðina eða sveitarfélög og verkfræðistofur sem fyrirhuga byggingar og aðrar stórframkvæmdir.

Stærstu uppgreftirnir sem fara fram um þessar mundir eru í Skálholti, á Gásum í Eyjafirði og á Þingvöllum.